• facebook
  • linkedin
  • youtube

Aparisyon SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage

Etazini, 29 desanm 202012 janvye 2021

Ete E. Galloway, PhD 1 ;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2 ;Michael A. Johansson, PhD 1 ;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1 ;Rachèl B. Slayton, PhD 1 ;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2 ;

Matye Biggerstaff, ScD 1 ;Vivien G. Dugan, PhD

Nan dat 15 janvye 2021, rapò sa a te afiche kòm yon MMWRDivilgasyon bonè sou sitwèb MMWR (https://www.cdc.gov/mmwr).

Nan dat 14 desanm 2020, Wayòm Ini a rapòteyon varyant enkyetid SARS-CoV-2 (VOC), liy B.1.1.7,yo rele tou VOC 202012/01 oswa 20I/501Y.V1.*B.1.1.7 Variant estime te parèt nan mwa septanm nan2020 e li te byen vit vin dominan an sikileVariant SARS-CoV-2 nan Angletè (1).B.1.1.7 tedetekte nan plis pase 30 peyi, ki gen ladan Etazini.Kòmnan 13 janvye 2021, apeprè 76 ka B.1.1.7 genyenyo te detekte nan 12 eta Etazini.Plizyè liy prèvendike ke B.1.1.7 transmèt pi efikas pase yolòt variantes SARS-CoV-2 (13).Trajectoire a modle nanVariant sa a nan peyi Etazini an montre kwasans rapid nan kòmansman 2021,vin Variant dominant nan mwa mas.OgmanteTransmisyon SARS-CoV-2 ka menase swen sante ki difisilresous yo, mande aplikasyon pwolonje ak pi solidnan estrateji sante piblik (4), ak ogmante pousantaj naniminite popilasyon ki nesesè pou kontwòl pandemi.Pranmezi pou redwi transmisyon kounye a ka diminye potansyèl laenpak B.1.1.7 epi pèmèt tan kritik ogmante vaksen ankouvèti asirans lan.Kolektivman, amelyore siveyans jenomikkonbine avèk konfòmite kontinye ak piblik efikasmezi sante, tankou vaksen, distans fizik,itilizasyon mask, ijyèn men, ak izolasyon ak karantèn, praldwe esansyèl pou limite pwopagasyon SARS-CoV-2, viris laki lakòz maladi coronavirus 2019 (COVID-19).Estratejiktès pou moun ki pa gen sentòm men ki gen plis risk pou yoenfeksyon, tankou moun ki ekspoze a SARS-CoV-2 oswa ki genyensouvan kontak inevitab ak piblik la, bay yon lòtopòtinite pou limite pwopagasyon kontinyèl.

Siveyans jenomik mondyal ak rapid sous louvri sharing nan sekans genòm viral yo te fasilite prèske an tan reyèldeteksyon, konparezon, ak swiv evolye SARS-CoV-2variants ki kapab enfòme efò sante piblik pou kontwole atrapan.Lè nou konsidere ke gen kèk mitasyon nan genòm viral lasòti ak Lè sa a, bese, lòt moun ta ka bay yon advan selektiftage nan Variant a, ki gen ladan amelyore transmisibility, se konsa ketankou yon varyant ka rapidman domine lòt varyant sikile.

Byen bonè nan pandemi an, varyant SARS-CoV-2 ki genyenmitasyon D614G nan pwoteyin Spike (S) ki ogmanteavidity obligatwa reseptè rapidman te vin dominan nan anpil mounrejyon jeyografik (5,6).Nan fen sezon otòn 2020, plizyè peyi rapòte detekteVariant SARS-CoV-2 ki gaye pi efikas.An plisnan Variant a B.1.1.7, varyant remakab enkli B.1.351 laliyaj premye detekte nan Lafrik di sid ak dènyèman idantifye aB.1.1.28 subclade (yon non li"P.1) detekte nan kat vwayajèsoti Brezil pandan tès depistaj woutin nan Haneda (Tokyo)ayewopò.§ Variant sa yo pote yon konstelasyon muta jenetiksyon, ki gen ladan nan domèn reseptè-obligatwa pwoteyin S la,ki esansyèl pou lye nan selil lame anjyotansin-konvèti reseptè anzim-2 (ACE-2) pou fasilite virisantre.Prèv sijere ke lòt mitasyon yo te jwenn nan sa yovaryant ta ka bay non sèlman ogmante transmisibilite menta ka tou afekte pèfòmans nan kèk dyagnostik an tan reyèltranskripsyon ranvèsereyaksyon chèn polymerase (RT-PCR)esèepi redwi sansibilite a netralize antikò(2,3,510).Yon rapò ka resan dokimante premye ka a nanReenfeksyon SARS-CoV-2 nan Brezil ak yon variant SARS-CoV-2ki te genyen mitasyon E484K,** ki te montrediminye netralizasyon pa sera konvalesans ak monoklonalantikò (9,10).

Rapò sa a konsantre sou aparisyon variant B.1.1.7 lanan Etazini.Apati 12 janvye 2021, ni aB.1.351 ni varyant P.1 yo te detekte nan laEtazini.Pou enfòmasyon sou SARS-CoV-2 kap parètvaryant enkyetid, CDC kenbe yon paj wèb dedye abay enfòmasyon sou nouvo varyant SARS-CoV-2.††

 B.1.1.7 filiation (20I/501Y.V1)

Variant B.1.1.7 la pote yon mitasyon nan pwoteyin S la(N501Y) ki afekte konfòmasyon reseptè-obligatwadomèn.Variant sa a gen 13 lòt B.1.1.7 mutasyon definisyon liyaj (Tablo), plizyè nan yo ki nan pwoteyin S la,ki gen ladan yon efase nan pozisyon 69 ak 70 (del6970) saevolye espontaneman nan lòt varyant SARS-CoV-2 epi li seipotèz ogmante transmisibilite (2,7).Sipresyon annan pozisyon 69 ak 70 lakòz S-gene target failure (SGTF)nan omwen yon RT-PCRtès dyagnostik ki baze sou (sa vle di, akThermoFisher Taq Path COVID-19 esè, varyasyon B.1.1.7 lafoumi ak lòt varyant ak del69 la70 pwodwi yon negatifrezilta pou sib S-jene ak yon rezilta pozitif pou de lòt yosib);SGTF te sèvi kòm yon prokurasyon nan Wayòm Ini apou idantifye ka B.1.1.7 (1).Plizyè liy prèv endike ke B.1.1.7 se plistransmèt avèk efikasite konpare ak lòt SARS-CoV-2varyant k ap sikile nan Wayòm Ini a.UK rejyon yo akyon pwopòsyon ki pi wo nan sekans B.1.1.7 te gen pi vit epidemikwasans pase lòt zòn, dyagnostik ak SGTF ogmantepi vit pase dyagnostik ki pa SGTF nan menm zòn yo, ak api gwo pwopòsyon kontak yo te enfekte pa pasyan endèksak B.1.1.7 enfeksyon pase pa pasyan endèks ki enfekte aklòt variants (1,3).Variant B.1.1.7 gen potansyèl pou ogmante pan US latrajectoire demi nan mwa kap vini yo.Pou ilistre efè sa a,yon senp, de-variante modèl konpatiman te devlope.Aktyèl US prévalence de B.1.1.7 pami tout sikileviris se enkoni men yo panse ke yo dwe <0.5% ki baze sou lalimite kantite ka detekte ak done SGTF (8).Poumodèl la, sipozisyon inisyal enkli yon prévalence B.1.1.7nan 0.5% pami tout enfeksyon, SARS-CoV-2 iminite soti nanenfeksyon anvan 10%30%, yon tan ki varye repwodiktifnimewo (R t ) nan 1.1 (diminisyone men ogmante transmisyon)oswa 0.9 (diminye transmisyon) pou varyant aktyèl yo, epi yo rapòte ensidans 60 ka pou chak 100,000 moun pa jou.1ye janvye 2021. Sipozisyon sa yo pa reprezante egzaktemannenpòt ki sèl kote US, men pito, endike yon jeneralizasyon nankondisyon komen nan tout peyi a.Chanjman nan R t soutan ki soti nan akeri iminite ak ogmante prevalens nan B.1.1.7, te modle, ak B.1.1.7 R t la sipozeyo dwe yon konstan 1.5 fwa R t nan varyant aktyèl, ki baze soupremye estimasyon soti nan Wayòm Ini a (1,3).Apre sa, yo te modle enpak potansyèl vaksinasyon ansipoze ke 1 milyon dòz vaksen yo te administre pou chakjou ki kòmanse 1ye janvye 2021, e ke 95% iminitete reyalize 14 jou apre li resevwa 2 dòz.Espesyalman,iminite kont enfeksyon ak swa aktyèl varyant oswa laB.1.1.7 Variant te sipoze, byenke efikasite a akdire pwoteksyon kont enfeksyon rete ensèten,paske sa yo pa te pwen final prensipal esè klinik yopou premye vaksen yo.Nan modèl sa a, prévalence B.1.1.7 okòmansman ba, ankò paskeli se pi plis transmisib pase varyant aktyèl, li montrekwasans rapid nan kòmansman 2021, vin tounen varyasyon dominan anfoumi nan mwa mas (Figi 1).Kit transmisyon kouranvaryant ap ogmante (inisyalman R t = 1.1) oswa tou dousman diminye(inisyal R t = 0.9) nan mwa janvye, B.1.1.7 kondwi yon chanjman sibstansyèlnan trajectoire transmisyon an ak yon nouvo faz nan eksponansyèlkwasans.Avèk vaksen ki pwoteje kont enfeksyon, latrajectoire epidemi bonè pa chanje epi B.1.1.7 gayetoujou rive (Figi 2).Sepandan, apre B.1.1.7 vin nanVariant dominan, transmisyon li yo te redwi anpil.Efè vaksen an sou diminye transmisyon nan tou pretèm te pi gwo nan senaryo a nan ki transmisyon tedeja diminye (inisyal R t = 0.9) (Figi 2).Efò bonè keka limite pwopagasyon variant B.1.1.7, tankou inivèsèl akogmante konfòmite ak estrateji alèjman sante piblik,pral pèmèt plis tan pou vaksen kontinyèl reyalize pi woiminite nan nivo popilasyon an.

Diskisyon

Kounye a, pa gen okenn diferans li te ye nan rezilta klinik yoki asosye ak varyant SARS-CoV-2 ki dekri yo;sepandan,yon pi gwo pousantaj transmisyon ap mennen nan plis ka, ogmantekantite moun an jeneral ki bezwen swen klinik, pi gravbat chay la sou yon sistèm swen sante ki deja tension,ak sa ki lakòz plis lanmò.Kontinye siveyans jenomikyo idantifye B.1.1.7 ka, osi byen ke aparisyon nan lòtvaryant enkyetid nan peyi Etazini, enpòtan pou laRepons sante piblik COVID-19.Lè nou konsidere ke SGTF la rezilta yoka ede idantifye potansyèl B.1.1.7 ka ki ka konfimepa sekans, idantifye varyant priyorite ki pa montreSGTF depann sèlman sou siveyans ki baze sou sekans.

 

 

 

Deziyasyon varyant

Premye idantifikasyon  

Mitasyon karakteristik

(pwoteyin: mitasyon)

Nimewo nan sekans aktyèl konfime ka yo No nan

peyi ki gen

sekans

Kote Dat Etazini Atravè lemond  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Wayòm Ini septanm 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Afrik di Sid Oktòb 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S:K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brezil ak Japon janvye 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Abreviyasyon: del = efase;E = pwoteyin anvlòp;N = pwoteyin nukleokapsid;ORF = ankadreman lekti louvri;S = Spike pwoteyin.

Eksperyans nan Wayòm Ini a ak modèl B.1.1.7 yoprezante nan rapò sa a montre enpak la yon pi kontajyeVariant ka genyen sou kantite ka nan yon popilasyon.Laogmante transmisibilite nan Variant sa a mande pou yon menm plisegzekisyon solid konbine vaksen ak mitigamezi (egzanp, distans, mask, ak ijyèn men)pou kontwole pwopagasyon SARS-CoV-2.Mezi sa yo pralpi efikas si yo etabli pi bonè olye ke pitapou ralanti pwopagasyon inisyal variant B.1.1.7 la.Efò pouprepare sistèm swen sante a pou plis vag nan ka yogaranti.Ogmante transmissibilité vle di tou ke pi woyo dwe rive jwenn pwoteksyon vaksinasyon pase prevwareyalize menm nivo kontwòl maladi a pou pwoteje piblik lakonpare ak varyant mwens transmisib.An kolaborasyon ak akademik, endistri, eta, teritoryal,patnè tribi ak lokal yo, CDC ak lòt ajans federalyo kowòdone ak amelyore siveyans jenomik akefò karakterizasyon viris atravè peyi Etazini.CDCkowòdone efò sekans Etazini atravè SARS-CoV-2Sekans pou repons pou Ijans Sante Piblik,Epidemyoloji, ak siveyans (ESFER)§§consortium,ki gen ladann apeprè 170 enstitisyon k ap patisipe yo e ki ankouraje pataje done ouvè pou fasilite itilizasyon SARS-CoV-2.done sekans.Pou swiv evolisyon viral SARS-CoV-2, CDC semete ann aplikasyon siveyans jenomik plizyè aspè pou konprannpwosesis epidemyolojik, iminolojik, ak evolisyonèki fòme filojeni viral (filodinamik);gid epidemienvestigasyon;ak fasilite deteksyon an ak karakterizasyonsyon reinfeksyon posib, ka dekouvèt vaksen yo, akvariants viral émergentes.Nan mwa novanm 2020, CDC te etabliPwogram Nasyonal Siveyans souch SARS-CoV-2 (NS3).amelyore reprezantativite domestik SARS-CoV-2sekans.Pwogram nan kolabore ak 64 piblik amerikenlaboratwa sante pou sipòte yon sistèm siveyans jenomik;NS3 ap konstwi tou yon koleksyon espesimèn SARS-CoV-2 and sekans pou sipòte repons sante piblik ak syantifikrechèch pou evalye enpak konsènan mitasyon yo souki egziste deja rekòmande kont mezi medikal.CDC genyentou kontra avèk plizyè gwo labora klinik komèsyal yotoryè yo rapidman sekans plizyè dizèn milye SARS-CoV-2espesimèn pozitif chak mwa e li te finanse sèt akademikenstitisyon yo fè siveyans jenomik an patenaryaak ajans sante piblik, kidonk ajoute anpil nandisponiblite done siveyans jenomik alè atravè toutEtazini.Anplis de inisyativ nasyonal sa yo,anpil ajans sante piblik leta ak lokal yo ap sekans

FIGIRA 1. Similye trajèksyon ensidans ka * nan varyant aktyèl SARS-CoV-2 ak variant B.1.1.7 la,sipoze pa gen vaksen nan kominote aak swa inisyal R t = 1.1 (A) oswa inisyal R t = 0.9 (B) pou varyant aktyèlEtazini, janvyeAvril 2021

 

figi 1
figi 2
abrevyasyon yo
figi 1

SARS-CoV-2 pou pi byen konprann epidemyoloji lokal aksipòte repons sante piblik nan pandemi an.Konklizyon yo nan rapò sa a sijè a omwen twa limittasyon.Premyèman, grandè ogmantasyon nan transmisibilitéity nan Etazini konpare ak sa yo obsève nan laWayòm Ini a rete klè.Dezyèmman, prévalence deB.1.1.7 nan Etazini tou enkoni nan moman sa a, mendeteksyon variants ak estimasyon prévalence ap amelyoreak plis efò siveyans Etazini.Finalman, lokal mitigamezi syon yo tou trè varyab, ki mennen nan varyasyon nanR t .Rezilta espesifik yo prezante isit la baze sou simulatione sipoze pa gen okenn chanjman nan mitigasyon apre 1ye janvye.Transmisibilite a ogmante nan lagè a Variant B.1.1.7rants aplikasyon solid nan estrateji sante piblik yoredwi transmisyon ak diminye enpak potansyèl B.1.1.7,achte tan kritik pou ogmante pwoteksyon vaksinasyon an.CDC yodone modèl montre ke itilizasyon inivèsèl ak ogmante konpliance ak mezi mitigasyon ak vaksinasyon yo enpòtan anpilredwi kantite nouvo ka ak lanmò anpil nanmwa kap vini yo.Pli lwen, tès èstratejik moun san yo pasentòm COVID-19, men ki gen plis risk pou yoenfeksyon ak SARS-CoV-2, bay yon lòt opòtinite poulimite pwopagasyon kontinyèl.Kolektivman, amelyore siveyans jenomiklans konbine avèk ogmante konfòmite ak sante piblikestrateji alèjman, ki gen ladan vaksen, distans fiziking, itilizasyon mask, ijyèn men, ak izolasyon ak karantèn,pral esansyèl pou limite pwopagasyon SARS-CoV-2 akpwoteje sante piblik.

Rekonesans

Manm Sekans pou Ijans Sante Piblik laConsortium Repons, Epidemyoloji ak Siveyans;eta ak lokal yolaboratwa sante piblik;Asosyasyon Laboratwa Sante Piblik;Ekip Repons CDC COVID-19;Branch Viris Respiratwa,Divizyon Maladi Viral, CDC.Committee of Medical Journal Editè fòm pou divilgasyon potansyèlkonfli enterè yo.Pa gen okenn konfli enterè potansyèl yo te divilge.

Referans

1. Sante Piblik Angletè.Investigation of roman SARS-CoV-2 variant: variant of concern 202012/01, brèf teknik 3. London, Wayòm Ini: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et al.Aparisyon ak transmisyon frekans yon efase Spike SARS-CoV-2 ΔH69/V70.bioRxiv [Preprint afiche sou entènèt 14 janvye 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et al.Transmisyon SARS-CoV-2 liy B.1.1.7 nan Angletè: apèsi nan lyezon done epidemyolojik ak jenetik.medRxiv [Preprint afiche sou entènèt 4 janvye 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et al.;Ekip Repons CDC COVID-19.Rezime konsèy pou estrateji sante piblik pou adrese nivo transmisyon kominotè SARS-CoV-2 ak lanmò ki gen rapò, Desanm 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.15585/mmwr.2mm
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et al.;COG-UK Consortium.Evalye efè mitasyon Spike SARS-CoV-2 D614G sou transmisibilite ak patojèn.Selil 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al.;Sheffield COVID-19 Genomic Group.Swiv chanjman nan SARS-CoV-2 Spike: prèv ki montre D614G ogmante enfeksyon viris COVID-19 la.Selil
2020;182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et al.Sipresyon natirèl nan SARS-CoV-2 Spike glikoprotein kondwi antikò chape.bioRxiv [Preprint afiche sou entènèt 19 Novanm 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S modèl abandon jèn nan tès SARS-CoV-2 sijere pwopagasyon mitasyon H69del/V70del nan peyi Etazini.medRxiv [Preprint afiche sou entènèt 30 desanm 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et al.Chape soti nan antikò netralize pa varyant pwoteyin Spike SARS-CoV-2.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et al.Kat jeyografik konplè nan mitasyon nan domèn reseptè-obligatwa SARS-CoV-2 ki afekte rekonesans pa antikò serom poliklonal imen.bioRxiv [Preprint afiche sou entènèt 4 janvye 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Tan poste: Feb-11-2021